在『超能力』被看作一般科学的『学园都市』、和平的背后存在着负责执行不能登上台面的任务的『暗部』组织。『item』——是由四位少女组成的精锐部队。可以读取能力者散发的特殊立场并加以追踪的滝壶理后、擅长使用爆炸物与陷阱作战的芙兰达·塞维伦、能够自由操纵氮气的防御担当绢旗最爱、以及学园都市仅七人的超能力者之一的麦野沈利。期望着在学园都市的阴影里自由生活的她们、寂静地锁定她们的目标。这是、最终将走向那「悲惨事件」的少女们、其相遇与友情与黑暗的故事。