《放学后的偶像有一个秘密》的故事，是从国民偶像——黑宫玲的同班同学一一昼野阳知道了她的秘密后展开的青春爱情喜剧。传说中的黑宫不仅容貌端正，头脑也很聪明，对偶像事业和学业都能完美完成的她，昼野抱有尊敬之情。而一切的故事，则要从在考试中不及格的昼野在补习教室遇到了意想不到的人物开始说起……